Deux décrets parus au Journal officiel le 18 septembre 2026 réduisent la durée d’indemnisation de certains arrêts de travail de longue durée. À compter du jeudi 15 octobre 2026, la durée maximale de versement des indemnités journalières passera de trois ans à un an pour une partie des assurés en arrêt prolongé. Le site officiel Service Public a détaillé la mesure le 24 septembre. Elle vise les personnes atteintes d’une affection de longue durée dite non exonérante.
Pour mesurer la portée de la réforme, il faut revenir au fonctionnement des indemnités journalières. Lorsqu’un médecin prescrit un arrêt de travail, l’Assurance maladie verse au salarié une somme qui compense en partie sa perte de salaire. Pour les maladies ordinaires, la règle générale limite déjà ce versement à 360 indemnités journalières sur trois ans. Les arrêts de longue durée relevaient jusqu’ici d’un régime dérogatoire. Celui-ci permettait une indemnisation continue pendant trois ans au maximum. C’est précisément cette durée dérogatoire que les nouveaux textes raccourcissent.
Tout l’enjeu repose donc sur la distinction entre deux catégories d’affections de longue durée. Une ALD exonérante correspond à une maladie grave, qui évolue depuis plus de six mois et exige un traitement coûteux. L’Assurance maladie prend alors en charge les soins liés à cette maladie au maximum du tarif remboursable. À l’inverse, une ALD non exonérante justifie un arrêt de plus de six mois sans nécessiter de traitement coûteux. Les soins restent alors remboursés aux taux habituels. C’est cette seconde catégorie que vise la réforme. Pour les ALD exonérantes, la durée maximale reste en effet fixée à trois ans. En cas de doute, le médecin traitant ou le service médical de la caisse peut indiquer à chacun dans quelle catégorie il se situe.
Le champ d’application est large. Le premier décret s’applique aux assurés du régime général et du régime agricole, ainsi qu’aux clercs et employés de notaire. Un second texte étend ensuite ces règles aux travailleurs indépendants, aux fonctionnaires de l’État, aux magistrats et aux ministres des cultes. La mesure touche donc aussi bien le secteur privé que la fonction publique d’État.
Le calendrier mérite une attention particulière. La limite d’un an vaudra pour tous les arrêts prescrits à partir du 15 octobre. Elle concernera aussi les arrêts déjà en cours qui atteindront six mois après cette date. En revanche, un assuré arrêté depuis plus de six mois au 15 octobre conservera l’ancienne règle. Il pourra donc être indemnisé jusqu’à trois ans. Concrètement, un salarié en arrêt continu depuis le mois de mars 2026 garde ses droits antérieurs. À l’inverse, celui dont l’arrêt a commencé début juin franchira le cap des six mois en décembre et relèvera du nouveau plafond.
Les textes encadrent aussi les rechutes. Pour ouvrir droit à une nouvelle période d’indemnisation d’un an au titre de la même maladie, le salarié devra avoir repris son travail pendant au moins un an. Autrement dit, une reprise de quelques semaines ne suffira pas à relancer le compteur. Cette condition pèsera surtout sur les personnes dont la pathologie alterne phases d’amélioration et périodes d’arrêt.
Cette réforme s’ajoute à un premier tour de vis entré en vigueur à la rentrée. Depuis le 1er septembre 2026, un décret du 12 juin plafonne en effet la durée des arrêts prescrits. Un premier arrêt ne peut plus dépasser 31 jours, et chaque prolongation 62 jours. Le médecin, la sage-femme ou le chirurgien-dentiste peut toutefois aller au-delà si l’état de santé du patient le justifie, en tenant compte des recommandations de la Haute Autorité de santé. Ce plafond ne s’applique pas à Mayotte. Par ailleurs, le décret du 16 septembre 2026 porte aussi, selon son intitulé, sur la sanction des abus.
Pour les assurés concernés, mieux vaut anticiper plutôt que découvrir la règle à l’échéance. La première étape consiste à vérifier la nature exacte de son affection auprès de son médecin ou de sa caisse. Ensuite, les salariés couverts par un contrat de prévoyance ont intérêt à relire les garanties prévues en cas d’arrêt prolongé. Enfin, l’employeur et le service de prévention et de santé au travail peuvent accompagner une reprise progressive, qui permet de préserver ses droits pour l’avenir.